Habermas vtrhl na německou intelektuální scénu v 50. letech s vlivnou kritikou filozofie Martina Heideggera. Filozofii a sociologii studoval pod kritickými teoretiky Maxem Horkheimerem a Theodorem Adornem na Institutu pro sociální výzkum na Univerzitě Johanna Wolfganga Goetheho ve Frankfurtu nad Mohanem od roku 1956, ale kvůli roztržce mezi jeho disertační prací – Horkheimer vznesl nepřijatelné požadavky na revizi – a také kvůli vlastnímu přesvědčení, že frankfurtská škola ochrnula politickou skepsí a pohrdáním moderní kulturou – se habilitoval z politologie na Univerzitě v Marburgu pod vedením marxisty Wolfganga Abendrotha. V roce 1961 se stal privatdozentem v Marburgu, a velmi neobvyklý na německé akademické scéně v té době, byl povolán k „mimořádnému profesorství“ (profesor bez židle) filozofie na univerzitě v Heidelbergu (na popud Hanse-Georga Gadamera a Karla Löwithe) v roce 1962. V roce 1964, silně podporovaný Adornem, se Habermas vrátil do Frankfurtu, aby převzal Horkheimerovo křeslo ve filozofii a sociologii.
V roce 1971 přijal místo ředitele Institutu Maxe Plancka ve Starnbergu (poblíž Mnichova) a pracoval tam až do roku 1983, dva roky po vydání svého magnum opus Teorie komunikativní akce. Habermas se pak vrátil do křesla ve Frankfurtu a na místo ředitele Institutu pro sociální výzkum. Od odchodu z Frankfurtu v roce 1993 Habermas nadále rozsáhle publikoval. V roce 1986 obdržel cenu Gottfrieda Wilhelma Leibnize od Deutsche Forschungsgemeinschaft, což je nejvyšší vyznamenání udělené v německém výzkumu. Je také stálým hostujícím profesorem na Northwestern University v Evanstonu ve státě Illinois. V roce 1988 byl zvolen členem Srbské akademie věd a umění.
Habermas navštívil Čínskou lidovou republiku v dubnu 2001 a dostalo se mu velkého přivítání. Pod tituly jako „Národní státy pod tlakem globalizace“ přednesl řadu projevů. Habermas byl také laureátem Kjótského protokolu v roce 2004 v sekci umění a filozofie. Odcestoval do San Diega a 5. března 2005 v rámci Kjótského sympozia univerzity v San Diegu přednesl projev s názvem Veřejná role náboženství v sekulárním kontextu, týkající se vývoje oddělení církve a státu od neutrality k intenzivnímu sekularismu. V roce 2005 obdržel Holbergovu mezinárodní pamětní cenu (asi 520 000 eur).
Habermas je známý jako učitel a mentor. Mezi jeho nejvýznamnější studenty patří politický sociolog Claus Offe (profesor na Humboldtově univerzitě v Berlíně), sociální filozof Johann Arnason (profesor na La Trobe University a šéfredaktor Thesis Eleven), sociologický teoretik Hans Joas (profesor na Svobodné univerzitě v Berlíně a na univerzitě v Chicagu), teoretik společenské evoluce Klaus Eder, sociální filozof Axel Honneth (současný ředitel Institutu pro sociální výzkum), americký filozof Thomas McCarthy, spolutvůrce myšlenkového bádání v sociálním výzkumu Jeremy J. Shapiro a zavražděný srbský premiér Zoran Đinđić.
Habermas integroval do komplexního rámce sociální teorie a filozofie extrémní bohatství myšlenek:
Jürgen Habermas považuje za svůj vlastní velký úspěch rozvoj konceptu a teorie komunikativního rozumu nebo komunikativní racionality, která se od racionalistické tradice odlišuje tím, že nachází racionalitu ve strukturách mezilidské jazykové komunikace spíše než ve struktuře buď kosmu nebo vědoucího subjektu. Tato sociální teorie prosazuje cíle lidské emancipace a zároveň zachovává všeobjímající univerzalistický morální rámec. Tento rámec stojí na argumentu zvaném univerzální pragmatismus – že všechny řečové akty mají vlastní telos (řecké slovo pro „účel“ nebo „cíl“) – cíl vzájemného porozumění a že lidské bytosti mají komunikativní schopnost takové porozumění vyvolat. Habermas tento rámec vybudoval z filosofie řečových aktů Ludwiga Wittgensteina, J. L. Austina a Johna Searleho, sociologické teorie interaktivní konstituce mysli a já George Herberta Meada, teorií morálního vývoje Jeana Piageta a Lawrence Kohlberga a diskusní etiky jeho heidelberského kolegy Karla-Otto Apela.
Pokračuje v tradicích Kanta a osvícenství a demokratického socialismu prostřednictvím důrazu na potenciál proměny světa a dospívání k humánnější, spravedlivější a rovnostářštější společnosti prostřednictvím realizace lidského potenciálu rozumu, částečně prostřednictvím diskurzivní etiky. Habermas sice připouští, že osvícenství je „nedokončený projekt“, tvrdí však, že by měl být korigován a doplňován, nikoli zavrhován. V tom se distancoval od frankfurtské školy a kritizoval ji i velkou část postmodernistického myšlení za přílišný pesimismus, špatně řízený radikalismus a přehánění.
V rámci sociologie je Habermasovým hlavním přínosem rozvoj komplexní teorie společenské evoluce a modernizace se zaměřením na rozdíl mezi komunikativní racionalitou a racionalizací na jedné straně a strategickou/instrumentální racionalitou a racionalizací na straně druhé. To zahrnuje kritiku z komunikativního hlediska teorie sociálních systémů založené na diferenciaci, kterou vypracoval Niklas Luhmann, student Talcotta Parsonse.
Habermas vidí racionalizaci, humanizaci a demokratizaci společnosti ve smyslu institucionalizace potenciálu racionality, který je vlastní komunikativní schopnosti, která je pro lidský druh jedinečná. Habermas věří, že komunikativní schopnost se vyvinula v průběhu evoluce, ale v současné společnosti je často potlačována nebo oslabována způsobem, jakým byly hlavní oblasti společenského života, jako je trh, stát a organizace, předány nebo převzaty strategickou/instrumentální racionalitou, takže logika systému nahrazuje logiku životního světa.
Jürgen Habermas (vlevo) při rozhovoru s Josephem kardinálem Ratzingerem, nyní papežem Benediktem XVI., 2004.
Jürgen Habermas psal obsáhle o konceptu veřejné sféry, přičemž používal popisy dialogu, který se odehrával v kavárnách ve Francii v 18. století. Právě tato veřejná sféra racionální debaty o otázkách politického významu, umožněná rozvojem buržoazní kultury soustředěné kolem kaváren, intelektuálních a literárních salonů a tištěných médií pomohla umožnit parlamentní demokracii a propagovala osvícenské ideály rovnosti, lidských práv a spravedlnosti. Veřejná sféra se řídila normou racionální argumentace a kritické diskuse, v níž byla síla argumentace důležitější než vlastní identita.
Habermas popsal tuto sféru jak z hlediska skutečné infrastruktury, která ji podporuje, tak z hlediska norem a postupů, které napomáhají rozkvětu kritického politického diskurzu. Rozlišoval mezi pohledem na veřejnou sféru jako na koncept a jako na historický útvar. Podle jeho názoru myšlenka veřejné sféry zahrnovala představu, že soukromé subjekty by se spojily jako veřejný subjekt a podílely by se na racionální úvaze, v konečném důsledku by činily rozhodnutí, která by ovlivňovala stát. Veřejná sféra jako historický útvar zahrnovala „prostor“ oddělený od rodinného života, podnikatelského světa a státu.
Ve svém magnum opus Teorie komunikativního jednání (1984) kritizoval jednostranný proces modernizace vedený silami ekonomické a administrativní racionalizace. Habermas vystopoval rostoucí zásah formálních systémů do našeho každodenního života jako paralelu k rozvoji sociálního státu, korporátního kapitalismu a kultury masové spotřeby. Tyto posilující trendy racionalizují rozšiřující se oblasti veřejného života a podřizují je zobecňující logice efektivity a kontroly. Jak routinizované politické strany a zájmové skupiny nahrazují participativní demokracii, společnost je stále více spravována na úrovni vzdálené vstupu občanů. V důsledku toho se hranice mezi veřejným a soukromým, jednotlivcem a společností, systémem a životním světem zhoršují. Demokratický veřejný život vzkvétá pouze tam, kde instituce umožňují občanům diskutovat o věcech veřejného významu. Popisuje ideální typ „ideální situace projevu“, kdy jsou aktéři stejně obdařeni schopnostmi diskursu, vzájemně uznávají základní sociální rovnost a řeč je nedeformovaná ideologií nebo nesprávným uznáním.
Habermas vidí možnost oživení veřejné sféry optimisticky. Naději pro budoucnost vidí v nové éře politického společenství, které překračuje národní stát založený na etnické a kulturní podobnosti s národním státem založeným na rovných právech a povinnostech legálně nabytých občanů. Tato diskurzivní teorie demokracie vyžaduje politické společenství, které může kolektivně definovat svou politickou vůli a realizovat ji jako politiku na úrovni legislativního systému. Tento politický systém vyžaduje aktivistickou veřejnou sféru, kde lze diskutovat o záležitostech společného zájmu a politických otázkách a síla veřejného mínění může ovlivnit rozhodovací proces.
Několik význačných akademiků poskytlo různé kritiky Habermasových představ o veřejné sféře. John Thompson, profesor sociologie na univerzitě v Cambridge, poukázal na to, že Habermasova představa o veřejné sféře je zastaralá kvůli šíření masových sdělovacích prostředků. Michael Schudson z Kalifornské univerzity v San Diegu obecněji tvrdí, že veřejná sféra jako místo čistě racionální nezávislé debaty nikdy neexistovala.
Pokud jde o jeho názory na sekularismus a náboženství v evropské veřejné sféře, ve své eseji Time of Transition z roku 2004 uvedl: „Křesťanství, a nic jiného, je konečným základem svobody, svědomí, lidských práv a demokracie, měřítky západní civilizace.“ Tvrdí také, že „rozpoznání našich židovsko-křesťanských kořenů jasněji nejenže nenarušuje mezikulturní porozumění, ale je tím, co ho umožňuje“.
Habermas a Jacques Derrida se pustili do poněkud ostrých sporů, které začaly v 80. letech a vyvrcholily odmítnutím delší debaty a vzájemných rozhovorů. Po Habermasově publikaci „Beyond a Temporalized Philosophy of Origins: Derrida“ (ve Filosofické debatě o modernitě) Derrida, citující Habermase jako příklad, poznamenal, že „ti, kteří mě obviňovali z redukování filozofie na literaturu nebo logiky na rétoriku … se viditelně a pečlivě vyhýbali tomu, aby mě četli“ („Is There a Philosophical Language?“ str. 218, v Bodech…). Jiní prominenti postmoderního myšlení, zejména Jean-François Lyotard, se pustili do rozsáhlejších polemik proti Habermasovi, zatímco Philippe Lacoue-Labarthe považoval tyto polemiky za kontraproduktivní. Při zpětném pohledu tyto sporné výměny přispěly k rozporům v rámci kontinentální filozofie tím, že se příliš soustředily na údajnou opozici mezi modernismem a postmodernismem – tyto pojmy byly v 80. letech občas povýšeny na totemický, ne-li kosmologický význam, z nemalé části kvůli pracím Lyotarda a Habermase a jejich často nadšenému a někdy neopatrnému přijetí na amerických univerzitách. Lze předpokládat, že schematická terminologie jako „poststructuralismus“, hojně obchodovaná ve Spojených státech, ale ve Francii prakticky neznámá, našla výraz v Habermasově chápání jeho francouzských současníků a přinesla s sebou zátěž „kulturních válek“, zuřících v tehdejších amerických akademických kruzích. Stručně řečeno: ačkoliv rozdíly mezi Habermasem a Derridou (ne-li obecně dekonstrukcí) byly hluboké, ale ne nutně nesmiřitelné, byly živeny polemickými reakcemi na chybné označení těchto rozdílů, které zase ostře potlačovaly smysluplnou diskusi.
Po 11. září Derrida a Habermas navázali omezenou politickou solidaritu a nechali své předchozí spory za sebou v zájmu „přátelské a otevřené výměny“, jak se vyjádřil Habermas. Poté, co vyložili své individuální názory na 11. září ve Filosofii Giovanny Borradoriové v době teroru: Dialogy s Jürgenem Habermasem a Jacquesem Derridou, Derrida napsal předmluvu vyjadřující jeho bezvýhradný souhlas s Habermasovým prohlášením „15. únor aneb Co spojuje Evropany dohromady: Prosba o společnou zahraniční politiku, počátek v jádrové Evropě“ ve Staré Evropě, Nové Evropě, Jádrové Evropě (Verso, 2005). Habermas nabídl další kontext pro toto prohlášení v rozhovoru. Zcela odlišně od toho Geoffrey Bennington, Derridův blízký spolupracovník, nabídl v dalším smířlivém gestu vylíčení dekonstrukce, která měla poskytnout určitou vzájemnou srozumitelnost. Derrida byl již v době, kdy oba zahájili novou výměnu názorů, extrémně nemocný a oba nebyli schopni to rozvinout tak, aby mohli podstatně přehodnotit předchozí neshody nebo najít hlubší podmínky diskuse před Derridovou smrtí. Nicméně tato pozdní spolupráce povzbudila některé učence, aby přehodnotili postoje, nedávné i minulé, obou myslitelů vůči druhému.